Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,742,445 | 6 bp→TCGTCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,742,445 | 0 | A | T | 99.2% | 579.9 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,742,446 | 0 | G | C | 99.2% | 576.4 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (123/121); total (124/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,742,447 | 0 | C | G | 99.2% | 584.0 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (123/122); total (124/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,742,448 | 0 | A | T | 99.2% | 585.6 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/122); minor base G (1/1); total (124/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,742,449 | 0 | G | C | 99.6% | 576.8 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (123/122); total (124/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,742,450 | 0 | C | G | 99.2% | 580.1 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (123/122); total (124/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CTGATGCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGAGCAGC‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGTC > CP042583/1742175‑1742720 |||||| ggccggTGTTACCCCCGGTCAGCACAGGCGGCCGGTCGGGCCTGTTTCTTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTg < 2:267373/284‑1 (MQ=255) ggTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCgtca > 1:205139/1‑286 (MQ=255) gtgtTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCgtcag > 2:1137384/1‑285 (MQ=255) ccGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACtt < 1:300216/289‑1 (MQ=255) gAGCGGGACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTAGGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTg < 2:3261908/289‑1 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCCTGACCTCTGCCGTTACCGCGCCCCCAGAACGCCAGGTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGAGAGTTAGTTATCTCTTTGCAGtt > 2:428812/1‑288 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCg > 1:2462426/1‑268 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCCGAAACCGATGTCGTCG‑CAAAGGTCCGGCGGTGCGTCCGTTATCACTTTTCCGtt > 2:217465/1‑288 (MQ=255) ggcgggccggtcgcgccTGTTTGTTTGGCGTCGTGTGGCCACCACGCGGCTAGTGGTGTGGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTAACGCGCCCTGCCCGTTGCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAg < 2:709166/276‑1 (MQ=255) gcggcCCGTCGCGCCTTGTTATTATGCGTCCTGTGGCGACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTGTCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGc < 2:1357824/288‑1 (MQ=255) ttatGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGc < 1:2860804/289‑1 (MQ=255) atatGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGTCTATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGc < 1:341910/288‑1 (MQ=255) tGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGa < 1:9605/289‑1 (MQ=255) 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tATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGAt < 1:1328624/289‑1 (MQ=255) tATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGACCTGccct > 2:612811/1‑287 (MQ=255) tATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGAACTGCCTa > 1:324668/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |