Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,742,469 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,742,469 | 0 | A | T | 99.6% | 595.3 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/125); minor base T (1/0); total (123/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,742,471 | 0 | T | A | 99.2% | 586.1 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/125); minor base C (2/0); total (123/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGAGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGTCGGCCTGGTGACGCTTTCCGGCGGT > CP042583/1742193‑1742744 ||| gAGCGGGACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTAGGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTg < 2:3261908/289‑1 (MQ=255) ccccgccggcCCGTCGCGCCGTTTTATTAGGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGtt < 2:48883/282‑1 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCCTGACCTCTGCCGTTACCGCGCCCCCAGAACGCCAGGTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCGCAAAGTTCCGGCGGAGAGTTAGTTATCTCTTTGCAGtt > 2:428812/1‑288 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCCGAAACCGATGTCGTCGCAAAGGTCCGGCGGTGCGTCCGTTATCACTTTTCCGtt > 2:217465/1‑288 (MQ=255) 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CCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGAGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGTCGGCCTGGTGACGCTTTCCGGCGGT > CP042583/1742193‑1742744 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |