Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,744,758 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,744,758 | 0 | A | T | 99.4% | 751.9 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,744,759 | 0 | G | C | 100.0% | 756.8 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (149/167); total (149/167) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,744,760 | 0 | C | G | 99.7% | 750.7 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (147/167); total (149/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
CCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCGATTATCGGCATTATTTTGCTGATCGGTATCGTGAAGAAGAACGCCATCATGATGATCGACTTCGCGCTGGCTGCTGAGCGCGAGCAAGGCATG > CP042583/1744480‑1745030 ||| cGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgc > 2:660688/1‑289 (MQ=255) aaTACCCCAGGCCAAGCTGCGCTGGATACCTATCGCCGGGCCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACTTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTAGGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcagca < 2:267685/289‑1 (MQ=255) aCCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcagc > 1:3160683/1‑285 (MQ=255) cgcgGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcagca < 2:1224302/275‑1 (MQ=255) cgcgGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcagca > 1:1842911/1‑275 (MQ=255) gcggcgCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTg > 1:1572275/1‑289 (MQ=255) gcggcgCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAAACTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGAACTGTCTGGCTGGTTg > 1:2712140/1‑289 (MQ=255) gcggcgCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTCCAGGCGATTATGGACACCTAAAAGACGCTGAAACTGCCGGTGGGTACCACCCCGCGGTTCCAGGCCAGCACCCCCGCCTTCCAGCCAGCACGGCGCTGCACTGTCGTGCCGATTg > 2:2390029/1‑289 (MQ=255) tGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCgcgg < 1:646345/288‑1 (MQ=255) aTACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGcggcgg < 2:1194802/288‑1 (MQ=255) cATTCGCGTGACCGGCATGGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTTCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGgtggtg < 2:854372/289‑1 (MQ=255) cATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAAGGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGgtggtg < 1:3094154/289‑1 (MQ=255) ttCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTTCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGc < 1:2177971/289‑1 (MQ=255) ttCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcag < 1:2350489/256‑1 (MQ=255) gCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGgcagca > 2:887389/1‑255 (MQ=255) gCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGAt > 1:3208274/1‑289 (MQ=255) gCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGAt > 1:2103858/1‑289 (MQ=255) aCCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGc > 1:705852/1‑281 (MQ=255) aCCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGc < 2:705852/281‑1 (MQ=255) cagcGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGgtggtg > 1:409637/1‑274 (MQ=255) cGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCt < 2:1136855/288‑1 (MQ=255) gACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGc < 1:784389/286‑1 (MQ=255) 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tcaaTTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTAtt < 2:1901804/285‑1 (MQ=255) aaTTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCCGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCggtgg > 2:422424/2‑242 (MQ=255) aaTTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCAc < 1:507390/288‑1 (MQ=255) ccAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGa > 1:1713180/1‑288 (MQ=255) aaaaTTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTgg > 1:1251637/1‑216 (MQ=255) tGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTAc > 2:3109253/1‑262 (MQ=255) 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CCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCGATTATCGGCATTATTTTGCTGATCGGTATCGTGAAGAAGAACGCCATCATGATGATCGACTTCGCGCTGGCTGCTGAGCGCGAGCAAGGCATG > CP042583/1744480‑1745030 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |