| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,852 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,852 | 0 | A | T | 99.7% | 791.4 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (155/174); minor base C (1/0); total (157/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,853 | 0 | G | C | 98.8% | 782.9 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (155/171); minor base A (2/2); total (157/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,854 | 0 | T | A | 99.1% | 787.0 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (154/174); minor base C (3/0); total (157/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
CTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAA‑TGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCAGCATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATGGGCGGGATTCAGGCGGATCAGAGTATTAGCTTTCAGGCGATGCGCGGTAAGTTGCAGGATTTCATGAAAATTATCCGTGACGATCCGGCAGTGGATAATGTCACCGGCTTTACAGGCGGTAGCCGAGTGAACAGCGGGATGATGTTTAT > CP042583/1746573‑1747132 ||| cTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAA‑t < 1:1326788/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |