Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,748,643 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,748,643 | 0 | A | T | 100.0% | 784.4 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,748,644 | 0 | G | C | 99.7% | 775.3 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (162/161); total (162/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,748,645 | 0 | T | A | 99.7% | 778.0 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (162/160); minor base G (0/1); total (162/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
ACGGTAACCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGAGCCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCAGTATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTAGTCTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGCTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATT > CP042583/1748364‑1748923 ||| tAACCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTACACACCGCCCTTCCCTACAGGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTgcg < 2:535970/288‑1 (MQ=255) tAACCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTgcg < 1:1760977/288‑1 (MQ=255) aaCCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTgcgcg < 1:2947328/289‑1 (MQ=255) aCCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGGTTACTCCCGGTTCACTGtttttctg > 2:289783/1‑283 (MQ=255) 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tcgcTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTTTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCCGAACGAACTGTTGCTGGCCCCCGCGTTACAGGGTGGTGGCGGCCGGATg‑tggtggtctgctg > 2:294282/4‑281 (MQ=255) tcgcTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTgcgcg > 2:943309/4‑213 (MQ=255) tcgcTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCAcgcg > 1:1985293/4‑250 (MQ=255) tcgcTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCg > 1:2024782/4‑289 (MQ=255) cgcTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCgg < 2:1645665/287‑1 (MQ=255) tCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGG‑CGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTC‑GGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTgcg > 1:1275775/1‑195 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |