| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,750,058 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,750,058 | 0 | A | T | 99.8% | 1027.9 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,750,059 | 0 | G | C | 100.0% | 1028.5 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (229/197); total (229/197) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,750,060 | 0 | C | G | 99.8% | 1028.8 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (228/197); minor base T (1/0); total (229/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
AGCGCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTAGTTTTGAACACGATAATAGCGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTCGCGGCACTTGC > CP042583/1749783‑1750332 ||| gcgcgcAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGA‑TTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAAcccg > 1:183748/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |