Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,762,358 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,762,358 | 0 | A | T | 99.4% | 847.0 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,762,359 | 0 | C | G | 99.1% | 837.7 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (172/175); minor base T (1/2); total (174/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,762,360 | 0 | T | A | 100.0% | 848.0 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (174/177); total (174/177) |
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
GGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATACTAACCGTTGTATCTGTAAGTTTACTCTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGGCTACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTACTTAAATACACCTGCATTTTCCGACTTGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTT > CP042583/1762080‑1762637 ||| ggACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTg > 1:354019/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |