Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,765,283 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,765,283 | 0 | G | C | 99.7% | 800.9 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,765,284 | 0 | C | G | 99.7% | 804.3 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (171/163); minor base A (0/1); total (171/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,765,285 | 0 | T | A | 99.4% | 801.8 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (170/162); minor base C (1/1); total (171/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TGGCGTAAAATTTTGTTTGCTGTTAGGCAACATCTGCATATCACGAAACAACCGCACACCTCTGAAGCGAACAGAATCAAAAATATCGCTACTTGTGTACATATCACCCACGCGAAGCGTGCCGAGAAGTTGGGCAAATCCACGTTCCAGATACAGGGTATTGCTTTTCCACACCCCTGGATTGTTATTTGTTTTACTGAAACTGGCATCAGAATGCAGTTGCCACCCCAGTAAATTTAACCCGCTGTTAAAACGTACATATGTACTCTTGTTATTACCGCTCGCTTTATAGTCGCTGTAATACTGACTCAGATAATAAGAGGTATAAAACGCATTAATACCCCGCTCCCAGTTTTCCGGTGGAACATAGCCACTTTCCAGTTCTTCCACCCAGGCCTGCGGGACACTGAAATCGAGACGAAAAACCCCGATATCCCAGGTATAGCTCCCACCCTGAACAAGTTGCTCAAATGTTAAACATTGCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTACTTAAACATGTTTCTTGCGGG > CP042583/1765004‑1765562 ||| gTAAAATTTTGTTTCGAGTTAGGCAACATCTGCATATCACGAAACAACCGCACACCTCTGAAGCGAACAGAATCAAAAATATCGCTTGATGTGTACATATCACCCACGCGAAGCGTGCCGAGAAGTTGGGCAAATCCACGTTCCAGATACAGGGTATTGCTTTTCCACACCCCTGGATTGTTATTTGTTTTACTGAAACTGGCATCAGAATGCAGTTGCCACCCCAGTAAATTTAACCCGCTGTTAAAACGTACATATGTACTCTTGTTATTACCCGACGCTTTATAGt < 2:2183626/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |