Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,768,505 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,768,505 | 0 | A | T | 99.5% | 909.0 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (189/189); minor base G (0/2); total (189/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,506 | 0 | C | G | 99.7% | 909.2 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (188/191); minor base A (1/0); total (189/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,507 | 0 | T | A | 99.7% | 911.6 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (189/190); minor base G (0/1); total (189/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
GACAATACCGAGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATACTATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGA‑GCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATG > CP042583/1768226‑1768786 ||| gACAATACCGAGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGtt > 1:1635738/1‑289 (MQ=255) gACAATACCGAGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGAAACCCAATTAAATTGGtt > 2:1564989/1‑289 (MQ=255) aCCGAGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCAACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCCGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATCGGTTGCCAg > 1:1253484/1‑288 (MQ=255) aGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCACATGAATTGGTTGCCCGGCCAt > 2:883918/1‑289 (MQ=255) aGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGAATCTAACAGCGAGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGACTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCAt > 1:3270968/1‑289 (MQ=255) gccccGGAACCTCGAATTTCCCGAACAACACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCAt < 2:2567059/285‑1 (MQ=255) cGGAACCTCAGATTTCTCGAACATCACACTGCCTGTTCTCACTTCGACACGTGCAGTGTCCTGCGGGGTGGTGACCCCGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGAc < 2:1253484/289‑1 (MQ=255) ggAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACa < 1:2484352/289‑1 (MQ=255) tCGACTTTCTCGAACAGCACAATGCCTTTTTTCTCATGGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCg < 2:303313/289‑1 (MQ=255) cTTTCTCGAACATCACAATTCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGc < 1:1852049/289‑1 (MQ=255) cctcGAACATCACAATGCTTTTTTTCGCCTCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGAATGCACCGGTTACTGGAAGGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCat < 2:2355230/288‑1 (MQ=255) tCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTAcc < 1:825729/289‑1 (MQ=255) caATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAAt > 1:2264901/1‑268 (MQ=255) tGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGc < 2:562195/271‑1 (MQ=255) gactCGATGAGCGCGATGGCCTGCGGTGTGTGGACCACGACTGCACCGGTTACGGGAATGTTTTGCGCCGGGGTCAATTGAATGTCCCCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGa < 2:3220411/285‑1 (MQ=255) cATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGAc > 1:576084/1‑288 (MQ=255) 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tGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACCAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATAGGGGTACCGTCCGGCGAACTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCCAc > 2:44928/1‑288 (MQ=255) ggtggtGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCgg < 1:3297910/231‑1 (MQ=255) gtggtgACCACGATTTCACCGGTTCCTGGAAGGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAAGGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACAttgtt < 2:2296537/288‑1 (MQ=255) tggtgACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACa > 1:2676221/1‑282 (MQ=255) ccACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGAttg < 1:1440468/288‑3 (MQ=255) ccACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGAttg < 1:3160138/288‑3 (MQ=255) cACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGAttgat < 1:3103149/289‑5 (MQ=255) gACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGAttgatggg < 2:1919726/289‑8 (MQ=255) cTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCA‑GTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACAttgt > 2:2965130/1‑274 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |