| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,768,787 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,768,788 | 0 | C | G | 99.7% | 839.6 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (182/172); total (184/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,768,789 | 0 | T | A | 99.7% | 849.8 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (182/171); total (184/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTG‑AGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768508‑1769068 ||| tgggcgCCAGGCGATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTCCAGTGCAGCGCAGTTGGACGCTTCTTTGGTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGACGTAGATACCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCTAGAGTCAGTGGCAGGTTTAGCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTTCCGGGAATCACGGCGATAAGGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGGTTCTTCACGCGTTGCAGGGTGGCTATGTTATGCGTCAGTTTc < 2:1455073/282‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |