Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,776,865 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,776,865 | 0 | A | T | 99.0% | 685.1 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,776,866 | 0 | G | C | 100.0% | 685.0 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (158/128); total (158/128) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,776,867 | 0 | T | A | 100.0% | 688.0 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (158/128); total (158/128) |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CACGGAATCTCTTGCGCAACGCATGGAACAAAAAAGTGGACGAGTTGTATTACAGGAACTGGGTTTTGGGGAT‑GATGTATGGCTGTTTCTGAATTATATACTCCCCGGAAAACTGGATGCTGCACGCAATAGTCTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACAGTCATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTATTTTCTCAGTATCCTCGGATTGGATGCGCTACCAGGTCTGCTGTTGGCTTTTAGTCATCGTCCAAAAGAAACATTTCCGTTAATTTTAAATTTTGGCGCAACAGAACTGGCGCTGCCTGTTGCCCACGTCTGGCGACGTTTCGCGGCGCAGC > CP042583/1776588‑1777141 ||| cACGGAATCTCTTGCGCAACGCATGGAACAAAAAAGTGGACGAGTTGTATTACAGGAACTGGGTTTTGGGGAT‑GATGTATGGCTGTTTCTGAATTATATACTCCCCGGAAAACTGGATGCTGCACGCAATTCACTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCg > 2:1642513/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |