| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 445,850 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 445,850 | 0 | A | T | 99.7% | 766.9 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (154/166); total (154/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 445,851 | 0 | C | G | 99.7% | 765.5 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (154/165); minor base A (0/1); total (154/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 445,852 | 0 | T | A | 99.7% | 769.8 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/167); minor base C (1/0); total (154/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
CTTCCTGTGGATATTCGGTGCCATTCAGGCGACCGTATAAATTCCCCACTTCATCGAAACGTGTTTCCAGCCCGCTTGCTGCCATTCTTTTTTTAAATTGCTGCTGGGTTTCCAGCCATTCCGGGCTATAAAGTAAACGGGTCATCCCACCCGCTGGGTCAGCGCCAAAAGAGGAAAGCCAGGGCAGCGTTTCTTCTATAGCTTGACGGAAATGTGTAATCATAAGAAAGTCCTGTCTCAATAATTATTGCGCAAAGGGATTTTTCGTTTCGTAACTCGTGTTATAAAGCGCGTCGGAAATTAAATACTGGTAAATATCATCAACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCAAATTACGCCCTGCGTGTAAATCGTCATACATGCTACTAACCT > CP042583/445576‑446130 ||| tgtgGATATTCGGTGCCATTCAGGCGACCGTATAAATTCCCCACTTCATCGAAACGTGTTTCCAGCCCGCTTGCTGCCATTCTTTTTTTAAATTGCTGCTGGGTTTCCAGCCATTCCGGCGAATAAAGTAAACGGGTCATCCCACCCGCTGGGTCAGCGCCAAAAGAGGAAAGCCAGGGCAGCGTTTCTTCTATAGCTTGACGGAAATGTGTAATCATAAGAAAGTCCTGTCTCAATAATTATTGCGCAAAGGGATTTTTCGTTTCGTATGACGTGTTATAAAGcgcg > 1:3294929/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |