| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,783,524 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,783,524 | 0 | A | T | 99.4% | 795.0 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (151/184); total (154/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,783,525 | 0 | G | C | 99.7% | 799.0 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (154/183); minor base A (0/1); total (154/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,783,526 | 0 | C | G | 99.7% | 794.2 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (152/183); total (154/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TGGCTGCCGCCCGCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTAGTTTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGAAGCATGGTCGATAGCGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAAGGGGGTAGTAGTAGTTTACT > CP042583/1783246‑1783798 ||| tGGCTGCCGCCCGCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGa < 1:2725475/289‑1 (MQ=255) cggccgccCGCAGGGTAGTGTGCCAGGTTGTTGAGGAAATTATGGGTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGAtt < 2:1016106/286‑2 (MQ=255) cgcccgccGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCGTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTGCATTTCTTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTACAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCACCACGGCCAGTTGTATATCCAATCCCCCCGTTTTACCAGCCGAATACAACCCCAAACCGCCCACGGTCAACTGGTCTTACTGTTTGATCAAAGCGGCTCTATGGTCGactcgttg > 2:2145176/1‑282 (MQ=255) cgcccgccGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTAGTCAGGC‑TTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGTACCCGCAACACGGCAAGTCGTATCTCCAATCCCACCGCCTTAACAGCCGCATTAAGCGCCAAAGCGAACAATGACAACGTGTCTTACTGCTTGCTTCACGCAGAACCATGGttgtttcggtga > 2:1627019/1‑278 (MQ=255) cccgccGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGAttcggtgat < 2:2508103/289‑9 (MQ=255) ccgccgGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGAttcggtgat < 1:2411602/288‑9 (MQ=255) ccgccgGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGAttcggtgat < 1:997709/288‑9 (MQ=255) tgttgAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATggcggc > 2:1669904/1‑288 (MQ=255) tgttgAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGAGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATggcggc < 1:2602254/288‑1 (MQ=255) ttgAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGGAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGGGGCCTg > 2:2438859/1‑289 (MQ=255) 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cgcgATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCGGGTGGCGTTTGCGACAAGcgtcg > 2:3266456/1‑289 (MQ=255) gccgtcgccgtTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGAtct < 2:2673332/289‑1 (MQ=255) ccgtcgccgtTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCa > 2:864680/1‑234 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |