| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,783,536 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,783,536 | 0 | A | T | 100.0% | 736.9 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,783,537 | 0 | G | C | 100.0% | 729.4 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (144/162); total (144/162) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,783,538 | 0 | C | G | 99.7% | 728.9 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/161); minor base A (1/0); total (144/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
GCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTAGTTTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGAAGCATGGTCGATAGCGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAAGGGGGTAGTAGTAGTTTACTGACGCATCAGGTGAAAAA > CP042583/1783258‑1783816 ||| tgtgCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGt > 1:3305429/1‑289 (MQ=255) 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GCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTAGTTTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAA‑GTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGAAGCATGGTCGATAGCGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAAGGGGGTAGTAGTAGTTTACTGACGCATCAGGTGAAAAA > CP042583/1783258‑1783816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |