| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,785,541 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,785,541 | 0 | A | T | 99.7% | 787.9 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,785,542 | 0 | G | C | 99.7% | 785.9 / ‑6.2 | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (186/144); minor base T (0/1); total (186/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,785,543 | 0 | T | A | 98.8% | 784.6 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (184/144); minor base C (2/2); total (186/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCG > CP042583/1785266‑1785821 ||| cTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGGCTGATGCCTGGCAAATGTTGGGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAgcg < 2:566494/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |