Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 520,591 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 520,591 | 0 | A | T | 99.8% | 1014.2 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (220/200); minor base G (0/1); total (220/201) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 520,592 | 0 | C | G | 100.0% | 1009.1 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (220/201); total (220/201) | |||||||||||
* | CP042583 | 520,593 | 0 | T | A | 100.0% | 1026.6 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (220/201); total (220/201) |
Only 100 of 421 total aligned reads displayed.
CGAATGCCCCCTTTTTGCAATAATGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGGCTTGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCA‑AGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGACTATTATTGGTACGCAGTTCGCGATCGGTCAGGCCACGGCAGAAACTTGCCGCCGTAGAACAAACGGTTGTTGGCGTTACCGGTTGGTTGAGTTGAAGCAAACGGCCAATTGCCGCACATAGCAGCCCTAAAGAAAAAATGCTGCCTTTATGCGTGTTTACGCCCGCAGTGGCGCGGAACATATCACCTTCGCAAGCCATACCAATTGGGCGTAATCCGTGGAGTACCGCTTCTGGTGCCATTTCCGCACTACAGGCACCAAATTCAATGAAACGGGGTA > CP042583/520316‑520871 ||| gAATGCCCCCTTTTTGCAATAATGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCATCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGATTGAGGTAATGCGTCA‑AGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGTCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGTGAATTATTGGTACg < 1:2937816/289‑1 (MQ=255) tttttGCAATAAGGTTGGCGCCTCGCGCTGTGGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCA‑AGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGTGAATTATTGGTACGCAGTTCGCGa < 2:2932555/289‑1 (MQ=255) cAATAATGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCA‑AGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGGTGTGAATTATTGGTACGCAGTTCGCGCGCGGt > 2:49403/1‑288 (MQ=255) ccAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCA‑AGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAAACGTTGACCTGCCGTCAGTTGTGAATTATTGGTCAGCAGTTAGCGTTCGGTCAGGCCATGGCAGAAACATGACGCAGTa > 2:168382/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |