Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,794,300 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,794,300 | 0 | A | T | 99.7% | 679.4 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,794,301 | 0 | C | G | 98.9% | 675.6 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (127/153); minor base T (2/1); total (129/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,794,302 | 0 | T | A | 99.7% | 677.5 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (128/153); minor base G (0/1); total (129/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TCAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCGCTATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCA‑CGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTACTACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGACTACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAGCTTGAGCGGAAGGATTCAGTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAGAGGCATATTCGGTCCGGCGTTTCCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAAAGGGCGCAA > CP042583/1794029‑1794580 ||| cAGATTAACTTGTTGTGCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCA‑CGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAg < 2:1922542/289‑1 (MQ=255) 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TCAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCGCTATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCA‑CGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTACTACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGACTACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAGCTTGAGCGGAAGGATTCAGTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAGAGGCATATTCGGTCCGGCGTTTCCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAAAGGGCGCAA > CP042583/1794029‑1794580 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |