Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,802,858 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,802,858 | 0 | A | T | 99.7% | 821.7 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,802,859 | 0 | C | G | 99.1% | 807.6 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (170/168); minor base T (0/3); total (170/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,802,860 | 0 | T | A | 99.7% | 813.7 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (169/170); total (170/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
GACCACTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑GCTACTCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAAT > CP042583/1802578‑1803125 ||| gacCACTATCGTAAATGGGTATCGTCAGGACTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGGGGAATGACGGAACAGGTCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑CGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACGCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGt < 2:2807176/289‑1 (MQ=255) gacCACTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑CGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGt < 1:212102/289‑1 (MQ=255) ccACTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAGCGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑CGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCt < 1:311957/289‑1 (MQ=255) aaaTGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑CGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGt < 1:731231/289‑1 (MQ=255) aTGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑CGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTaa < 1:323802/289‑1 (MQ=255) ggTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑CGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGt < 2:547571/288‑1 (MQ=255) ggTAGCCTCAGCCCTGCCTTAACGCCCAGTTGCTGCGCGGAATGCCGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCAATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑CGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGt < 2:160389/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |