| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,805,924 | 0 | T | A | 99.8% | 1098.0 / NA | 455 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (214/239); minor base G (0/1); total (215/240) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 456 total aligned reads displayed.
TCCGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTAGCCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGAAGTGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGAGTTTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTGATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCATCTCTTACGACAGCTACTTTAAAGGTAGCGAAGTGCTAAACGATCTGCTGCAACCGGCGGTCGTCGCGCTGGCCTATCCTTTATATGAGCAGCTACACCAGATCCGCGCGCGCTGGAAA > CP042583/1805642‑1806196 ||| tcgggggAGGATCTTCGGGATGCTGATCCTGTTGGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATGCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTATGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAgaagaa < 2:3299417/286‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |