| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,809,091 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,809,091 | 0 | A | T | 99.4% | 784.6 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,809,092 | 0 | G | C | 98.5% | 774.5 / ‑2.9 | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (174/150); minor base A (2/3); total (176/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,809,093 | 0 | T | A | 99.7% | 782.1 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (176/151); total (176/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CACATTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808813‑1809372 ||| cacaTTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACtt > 1:1027983/1‑289 (MQ=255) 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