Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,809,466 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,809,466 | 0 | A | T | 99.7% | 889.8 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,467 | 0 | G | C | 99.7% | 888.3 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (187/183); minor base A (1/0); total (188/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,468 | 0 | T | A | 99.5% | 890.7 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (185/183); minor base C (2/0); total (188/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
TGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTA > CP042583/1809190‑1809747 ||| tGCCAACGCCGTTGTACCCGTTCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGAGTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAGCGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTACTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGAAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg < 2:1462254/289‑1 (MQ=255) cAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCa < 2:2223054/288‑1 (MQ=255) gTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGa > 1:382788/1‑289 (MQ=255) gCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGTCCGTAGTGaaa > 1:341426/1‑289 (MQ=255) gCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGaaa > 2:1088506/1‑289 (MQ=255) tGCGCCCATTGGACTCGGCCGCTAAAAGCGTGTTGGTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGTAATTTATAAGCCCGGTACTAAAACGC‑GCGGAAAAGTCGCGATTATTGGCGAAGGTCCGGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTg < 2:2684019/289‑1 (MQ=255) cccATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTTGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAACGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCGGTTCTGGAGGACGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCa > 2:1270253/1‑289 (MQ=255) cccATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGAcc > 2:2110629/1‑288 (MQ=255) cccATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCa < 1:1288246/289‑1 (MQ=255) cccATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGC‑TCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATAAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGGAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGGAACCAGTGGTGGGTGCTGGAAGACCCCGTACTGAAAAAGTGGGGGTGACCa > 2:978280/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |