Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,815,589 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,815,589 | 0 | A | T | 99.7% | 873.4 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,815,590 | 0 | C | G | 99.2% | 863.0 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (194/165); minor base T (1/2); total (195/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,815,591 | 0 | T | A | 98.9% | 858.3 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (195/163); minor base G (0/4); total (195/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
GGTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTACTGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATACTAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATACTGAGA‑TGTAACGGAATCGCAATGCCATTATCTTTTAATGCTGTCAGTGCGCCAGCGGCC > CP042583/1815317‑1815868 ||| ggTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGGTATcgcc > 2:3323159/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |