Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,824,942 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,824,942 | 0 | A | T | 100.0% | 869.8 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (188/172); total (188/172) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,824,943 | 0 | G | C | 99.7% | 853.7 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (187/171); total (188/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,824,944 | 0 | C | G | 99.7% | 856.2 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (187/172); minor base T (1/0); total (188/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GAATATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCAGCCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTACTGGCGACTGAGCCGGTAGTGAAAGCGGAAGCCAGTAAAGTAACCGTGGCTGTTGCAACCGTTGTTATCTTCGGGACCGTCGCGATTTTCCTCTACCCGGCGATATATCCGCTGATGTCT > CP042583/1824665‑1825226 ||| atatCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGa > 2:457619/1‑289 (MQ=255) cTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGt < 2:949477/289‑1 (MQ=255) tACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGcc > 2:205428/1‑278 (MQ=255) aaaCAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTg > 2:1461616/1‑289 (MQ=255) 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tATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGa < 1:227101/276‑1 (MQ=255) tATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGa > 2:227101/1‑276 (MQ=255) ttCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGt > 2:600380/1‑250 (MQ=255) tAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCt > 1:655453/1‑288 (MQ=255) tGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTTTTGACGCTGTCCAGTACCTTCctcgt > 2:522642/1‑286 (MQ=255) gAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCctgctg > 2:1368353/1‑289 (MQ=255) 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ggggTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGt > 1:749626/1‑228 (MQ=255) tgtgGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGtt < 2:643325/289‑1 (MQ=255) tgtgGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGATTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGtt < 1:1179088/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |