Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,825,494 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,825,494 | 0 | A | T | 99.4% | 814.5 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (161/181); total (164/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,825,495 | 0 | G | C | 99.7% | 816.0 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (163/182); total (164/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,825,496 | 0 | C | G | 99.4% | 812.5 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (163/181); total (164/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
CCGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑AGCTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGTTTAACAGGAGTCCTCGCA > CP042583/1825215‑1825783 ||| gATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGtt > 1:1176936/1‑288 (MQ=255) aTGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTa > 1:718195/1‑288 (MQ=255) gTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTAcc > 2:1567357/1‑288 (MQ=255) tctcAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGc > 1:1616181/1‑289 (MQ=255) tttAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCa > 1:1852372/1‑281 (MQ=255) aGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGa < 1:2724758/289‑1 (MQ=255) ggAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATg < 1:2485776/289‑1 (MQ=255) tCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAAc > 1:3221633/1‑289 (MQ=255) tATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAAc > 1:1377030/1‑285 (MQ=255) ggTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTg > 2:2048643/1‑243 (MQ=255) ttCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGTGGAAAACGCAGCAGTTATATCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCAGTTCCTAATCCTACTGGTGGAGCGGGTTAAACAGCTGTCTGGGGAGAAAAGCGGCGTGAAAAGTCAAATCACTATTCCGTGGTTAGACAACTTGTTACTCGCAGTCGCTATCTTTAACTAGGTT‑CACCAGGTACGGTAGTGCGAGGTGATCATGTCTGTAAGGCTgtcatccttctgg > 2:2205368/1‑277 (MQ=255) aCTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCAcc > 2:1980534/1‑235 (MQ=255) aCTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtg > 1:1421154/1‑252 (MQ=255) aCTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtg < 2:1421154/252‑1 (MQ=255) aCTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCctgctg > 1:305781/1‑288 (MQ=255) aCTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCctgctg > 2:1907972/1‑288 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAACCAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATa < 1:1664058/272‑1 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAACCAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATa > 2:1664058/1‑272 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCAcc > 1:1484457/1‑230 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCa < 1:2387801/240‑1 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTc > 2:1491817/1‑277 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCct < 1:2292073/279‑1 (MQ=255) cACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGTTGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatg > 2:829435/1‑288 (MQ=255) cACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatg > 1:1133226/1‑288 (MQ=255) aGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTg < 2:1769997/226‑1 (MQ=255) aGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGaa > 1:2235354/1‑246 (MQ=255) tGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatggcgatgg < 2:305781/288‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGa < 2:671228/261‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatggcgatggcg > 1:1995664/1‑289 (MQ=255) gcAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCTCTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGgcggcg < 1:999544/289‑1 (MQ=255) cggggggtggCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGAGAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGgcgc < 2:1133226/284‑1 (MQ=255) cAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCa > 1:370865/1‑288 (MQ=255) aGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGTTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCGTGGTCTGACCACTCACGTCcgcgcg > 2:614336/1‑288 (MQ=255) cGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCAcc > 2:3262259/1‑186 (MQ=255) 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ttATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAACGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCTGTGCTGGGTCTGACCACCCACGTCAGCCCGCTGAAAAAACCTGGGGCCAAAcccc > 2:1053615/1‑286 (MQ=255) aTTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACctct > 1:541532/1‑287 (MQ=255) ccAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGAt < 1:1556676/289‑1 (MQ=255) ccAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGAt < 1:582811/289‑1 (MQ=255) ccAAAAGGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGAt < 1:614336/289‑1 (MQ=255) aaTGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAAC‑TCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCa < 1:2969624/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |