Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,830,472 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,830,472 | 0 | A | T | 99.8% | 964.9 / NA | 401 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (189/211); total (189/212) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,830,473 | 0 | G | C | 99.8% | 953.1 / NA | 401 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (189/211); total (189/212) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,830,474 | 0 | C | G | 99.8% | 957.6 / NA | 401 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (189/210); minor base A (0/1); total (189/212) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 401 total aligned reads displayed.
ATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑AGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAAAGTTTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCAGCCAGGA > CP042583/1830202‑1830749 ||| cgtacgtaTGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGttt > 1:1096655/1‑289 (MQ=255) cgtacgtaTGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGttt > 1:3286199/1‑289 (MQ=255) acgtaTGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTAt < 1:2366232/289‑1 (MQ=255) aTGCTAAATATGGGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCGACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTGTTAACGGATGTTTCGGCCGGTACGCGTCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGGGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGTTCGATTTCTTTGCCGGCCCCTGTTTTATTgg < 2:1561158/288‑1 (MQ=255) cTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCgag > 1:405395/1‑289 (MQ=255) atGAGAGATCTAATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAg < 2:3112708/289‑1 (MQ=255) cATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATaa < 2:1007000/289‑1 (MQ=255) aTAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATg > 2:2353675/1‑289 (MQ=255) aaaCATCGTGAAAGAAATCCGCAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTGCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGaa < 1:2554686/289‑1 (MQ=255) aaCATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑TCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGGGTTAATCGATAAAGACCATGaa > 2:1673741/1‑288 (MQ=255) 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ATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACA‑TTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTG‑AGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAAAGTTTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCAGCCAGGA > CP042583/1830202‑1830749 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |