Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,839,262 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,839,262 | 0 | A | T | 99.3% | 709.1 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,839,263 | 0 | G | C | 99.7% | 705.9 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (136/160); minor base A (0/1); total (136/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,839,264 | 0 | T | A | 99.3% | 703.4 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (136/158); minor base C (0/2); total (136/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
CGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAAAGCCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCAGCACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTAGTCTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGAGCATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTGGGGCAGCAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATTATCAACG > CP042583/1838985‑1839541 ||| cgcgttCATTTGGGTTCTGGTAAGGTGGTTTCTGGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCTAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTCGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATg < 2:2945052/283‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |