Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,844,391 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,844,391 | 0 | A | T | 100.0% | 836.2 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,844,392 | 0 | G | C | 99.7% | 830.9 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (155/188); minor base T (1/0); total (156/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,844,393 | 0 | C | G | 99.7% | 822.2 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (156/187); minor base T (0/1); total (156/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
CCAGCTGGGTCAGGCATTAATTCCTGTAAAACGGGCCAGCCCAACATTGACTTTTACCGATATTAACCGCGTCAGCGAACTGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCAGTCGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTAGCGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTAGCATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTG‑ATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAAAGTCTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATT > CP042583/1844114‑1844672 ||| ccAGCTGGGTCAGGCATTAATTCCTGTAAAACGGGCCAGCCCAACATTGACTTTTACCGATATTAACCGCGTCAGCGAACTGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCTCACGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTTCGGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACCCTGGTTTACTTACATCATTGTCGTTTCGATGACCGTg > 2:3043192/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |