| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,847,481 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,847,481 | 0 | A | T | 99.7% | 890.9 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,847,482 | 0 | G | C | 99.7% | 882.3 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (191/180); total (193/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,847,483 | 0 | T | A | 99.5% | 900.8 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (192/179); minor base C (1/1); total (193/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
CGCAGTGGTAAGGTGTGCTTACGTCCCTTATTATTCATAGTGAAAGCATGCCGGATTGCGGCTAATGATGAGTAAAAGGAAATCCGTTGCAGATGATTGTGCGCATACTGCTGCTGTTTATCGCTCTGTTCACCTTTGGTGTGCAGGCGCAGGCTATCAAGGAAAGCTATGCCTTTGCCGTGCTGGGCGAACCCCGGTACGCGTTTAATTTCAACCATTTTGATTATGTGAACCCCGCCGCGCCAAAAGGTGGGCAGATAACGTTGAGTGCCCTCGGCACCTTCGATAATTTCAACCGCTATGCACTGCGCGGCAACCCGGGCGCACGCACCGAGCAGCTGTACGACACGCTATTTACGACTTCCGATGACGAACCAGGCAGTTATTACCCGCTGATTGCTGAAAGCGCACGCTATGCTGACGATTATTCCTGGGTGGAGGTCGCTATTAATCCGCGCGCCCGTTTTCATGATGGTAGCCCCATTACTGCCCGCGATGTAGAGTTTACTTTTCAAAAATTTATGACCGAAGGCGTGCCGCAATTTCGT > CP042583/1847215‑1847762 ||| cgcAGTGGTAAGGTGTGCTTACGTCCCTTATTATTCATAGTGAAAGCATGCCGGATTGCGGCTAATGATGAGTAAAAGGAAATCCGTTGCAGATGATTGTGCGCATACTGCTGCTGTTTATCGCTCTGTTCACCTTTGGTGTGCAGGCGCAGGCTATCAAGGAAAGCTATGCCTTTGCCGTGCTGGGCGAACCCCGGTACGCGTTTAATTTCAACCATTTTGATTATGTGAACCCCGCCGCGCCAAAAGGTGGGCAGATAACGTTGTCAGTCCACGGCCCCCTCGATaa > 2:701129/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |