Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,851,402 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,851,402 | 0 | A | T | 100.0% | 1006.7 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,851,403 | 0 | G | C | 100.0% | 1006.1 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (206/210); total (206/210) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,404 | 0 | T | A | 99.3% | 1002.1 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (204/209); minor base C (2/1); total (206/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
AACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGAGCGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAACATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGAGCGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACAGTAGTCAATGATGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGAGTGGTAGTGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGAGTATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAAAGCCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGAGCTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTAGTCTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATCGCGTTGGTATCCGCCAGGCG > CP042583/1851122‑1851680 ||| ccTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACAGTAGTCAATGATGTTTCACTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTAc > 2:2727747/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |