Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,859,868 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,859,868 | 0 | A | T | 99.3% | 693.2 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (129/164); minor base C (1/1); total (130/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,859,869 | 0 | G | C | 100.0% | 702.6 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (130/166); total (130/166) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,859,870 | 0 | C | G | 99.7% | 685.1 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (129/166); total (130/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
CATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGATCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCAGCCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTAGCTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTCGATGGCCTGAACTACAGTCGCTTCGA > CP042583/1859591‑1860145 ||| gAATGACGCTATTACTGATCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATg < 1:2982352/288‑1 (MQ=255) ttcagCTATTCCTGTGCGACAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCTATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGGTATCAACCAAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCGGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCaa < 2:1901731/285‑1 (MQ=255) tGACGCTATTACTGATCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCaa < 1:1089335/289‑1 (MQ=255) aCTGATCGTTTGCGAAGGCTTTACTCTTTTCCATCTGCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCGTATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGc < 2:2324632/289‑1 (MQ=255) gATCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCg > 1:392978/1‑289 (MQ=255) aTCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCTCGCGCCCGCTTGCCGCCTTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTAACGCCCgc > 2:2656374/1‑288 (MQ=255) aTCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGGCTCGCACGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATTGCCCGa > 2:545397/1‑289 (MQ=255) aTCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTAGCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGGGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATAGCCCGa > 1:2132414/1‑289 (MQ=255) tCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGa < 1:782939/288‑1 (MQ=255) tCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGa < 1:1159500/288‑1 (MQ=255) tCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGa < 2:2838939/288‑1 (MQ=255) aTAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTggg < 1:1297756/261‑1 (MQ=255) aTAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTggg > 2:1297756/1‑261 (MQ=255) aTAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCa > 1:891949/1‑288 (MQ=255) aTAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCa > 1:1663588/1‑288 (MQ=255) aTAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTAATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAACGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTCTATCTGGGCCGAGTCCAACTTCTATCGCCCGATcc > 2:2026061/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |