Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 529,418 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 529,418 | 0 | A | T | 100.0% | 820.0 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 529,419 | 0 | C | G | 99.4% | 810.9 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (174/162); minor base T (1/1); total (175/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 529,420 | 0 | T | A | 99.7% | 817.7 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (174/163); minor base C (1/0); total (175/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TGCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTACTCGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTACTAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGCCCCAAAGTAAATAATAAAAAATTCCTAAAGCTTAAGGAAAAAATATGCCCAATAAATTGGCGATGAATGCTGATTAAAATCAAGAAAAACTG > CP042583/529148‑529697 ||| tGCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGAAATCCGTGGCGCGGTAGCCTGTTGAAGCCTGGGTGGACGGt > 2:252394/1‑289 (MQ=255) gCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTa > 1:2999550/1‑289 (MQ=255) aaaaCACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTtg < 1:3030119/288‑1 (MQ=255) aaaCACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTtgtg < 1:1766154/289‑1 (MQ=255) aGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATaa > 1:1559923/1‑289 (MQ=255) gTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCGGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGGTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAATACTTTGTGGCACATAAgggaaa > 2:585686/1‑286 (MQ=255) gTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGc > 1:749665/1‑287 (MQ=255) 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cAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCg < 1:2729180/289‑1 (MQ=255) cGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATAACCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGa > 2:1227368/1‑226 (MQ=255) aCAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAaca > 1:1517641/1‑289 (MQ=255) 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cTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACAccc > 1:2029101/1‑289 (MQ=255) gCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACAcc > 2:509719/1‑286 (MQ=255) aTGGTTTTGACGCCAGCTTGACAACCATACCATCCGGGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAAt < 2:3092627/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |