Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,885,221 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,885,221 | 0 | A | T | 100.0% | 913.8 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,885,222 | 0 | G | C | 99.5% | 890.6 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (186/190); total (188/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,223 | 0 | T | A | 99.5% | 880.6 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (184/182); total (185/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
TAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACAGTACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGAGCATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCAGTACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAAGCACCGTCAGCGACATTGTTGATAGTCGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCC > CP042583/1884941‑1885501 ||| ggCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCt > 1:3053952/1‑288 (MQ=255) ggCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCt > 2:681695/1‑288 (MQ=255) aCGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTaa > 1:757791/1‑289 (MQ=255) acaTTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTaaagaatc > 2:1551646/1‑287 (MQ=255) caTTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGACCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCCCACCTCCGGATTTaaagaaccg > 2:1034602/1‑286 (MQ=255) acgacCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCCGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTaaagaatcgaccgcaagcg > 2:2083946/1‑276 (MQ=255) ccacCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACCAGAGACACGCCTGAAACAGGATATCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGa < 1:2205960/287‑1 (MQ=255) 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ggAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATg < 2:1222892/278‑1 (MQ=255) ggAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGaaa > 1:2287561/1‑287 (MQ=255) gagaAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCt > 1:726910/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |