Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,885,593 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,885,593 | 0 | A | T | 99.7% | 859.4 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (187/171); minor base C (0/1); total (187/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,594 | 0 | G | C | 99.5% | 856.3 / ‑5.7 | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (187/172); minor base T (0/2); total (187/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,595 | 0 | C | G | 99.7% | 855.5 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (187/173); total (187/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCAGCGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATGGCACCTTATTGCTGGATACGTTGCAAAACATTCTGCTGCCACTGCTGCTGAACATCGGTTTGCTGGCGCTGGCGTTA‑TTTGGCTATACCACATTCCGCCATTTCTCCAGCCGCAGTACAGAAAACGTCCCCAGCACGGCGGTCAATAACGAATTGCGCATTTTACGGGCAATCAATGAAGAGATAGTCAGTCTGCTGCCGCTCGGCCTGCTGGTTCACGATCAGGAAAGCA > CP042583/1885314‑1885872 ||| cAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCaa < 2:1548529/288‑1 (MQ=255) aCGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAAc > 2:630288/1‑287 (MQ=255) cGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAActct > 1:1838800/1‑289 (MQ=255) tAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGtt < 1:2774869/289‑1 (MQ=255) cATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCt > 1:35445/1‑289 (MQ=255) cgccgcCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATg > 2:1363283/1‑289 (MQ=255) cgccgcCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATg > 1:3262737/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |