| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,886,850 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,886,850 | 0 | A | T | 99.7% | 896.4 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,886,851 | 0 | G | C | 100.0% | 890.8 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (176/195); total (176/195) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,886,852 | 0 | C | G | 100.0% | 893.3 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (176/195); total (176/195) | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
TCTGGACACGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATAT‑CAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTAGCGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTCAATATGAGCAACGCTATGCAGGAAGCGGTCTTACAATTAATTGAAGTGCAACTGGCGCAGGAAGAGGTGACAGAA > CP042583/1886570‑1887128 ||| tcatgatacGGGAGGAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGGTCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATAT‑CAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGaa < 2:87049/282‑1 (MQ=255) 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TCTGGACACGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATAT‑CAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTAGCGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTCAATATGAGCAACGCTATGCAGGAAGCGGTCTTACAATTAATTGAAGTGCAACTGGCGCAGGAAGAGGTGACAGAA > CP042583/1886570‑1887128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |