Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,894,931 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,894,931 | 0 | A | T | 99.7% | 849.2 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,894,932 | 0 | G | C | 99.7% | 845.3 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (190/165); total (191/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,894,933 | 0 | T | A | 99.4% | 845.3 / ‑3.5 | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (189/164); minor base G (1/1); total (191/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
CCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCAT‑TACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCTA > CP042583/1894653‑1895205 ||| tGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCAT‑TACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCAcc > 1:1090374/1‑289 (MQ=255) tGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTAAAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATTATGGTGGGCGGATTTATGGGGCTTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCAT‑TACTGGCATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGACAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCTGTCAGCCCTTCGTCTATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACGTTTCGGCCCCAACCCg > 2:3203713/1‑289 (MQ=255) ccTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCAT‑TACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGGTATTGCTTCACCTATCGGCACCAACCCGGa > 2:1099697/1‑289 (MQ=255) cccACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCAT‑TACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCg > 2:1021057/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |