| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,895,806 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,895,806 | 0 | A | T | 99.4% | 1100.2 / NA | 461 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (223/234); minor base C (2/1); total (225/236) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,895,807 | 0 | G | C | 99.8% | 1096.9 / NA | 461 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (224/235); minor base T (1/0); total (225/236) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,895,808 | 0 | T | A | 99.1% | 1107.7 / NA | 461 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (220/236); minor base C (4/0); total (225/236) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 461 total aligned reads displayed.
GGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGAGTTTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTAGTGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATAAGCCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCA > CP042583/1895529‑1896087 ||| ggTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGAACTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGGGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCCACGATGGTTCAGCAAAAAtt > 2:2513326/1‑289 (MQ=255) gTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGCACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAAttt > 1:2103054/1‑289 (MQ=255) cACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTTATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCAAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTg < 1:2039381/289‑1 (MQ=255) cACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTg < 1:276131/289‑1 (MQ=255) aactcctgctggtCCGGATCTGGGCAACGCTGGCGGCCAACCCTGCAGGTTTTTACCCGTGACAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCTTGGCGGTCATATTTATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAATCCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGACCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTg < 2:1255692/277‑1 (MQ=255) cGACAGCGCGTCCATGTCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTGTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGGTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTgc < 2:3280334/288‑1 (MQ=255) cgcATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCt > 1:3048118/1‑288 (MQ=255) cgcATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCAATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCt > 1:1727827/1‑288 (MQ=255) cgcATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCAGCCGCATGGAACATTGCGCCAAAGGTGGGTCAACAAAAATTTTGctccccc > 2:2882480/1‑285 (MQ=255) cgcATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCATGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGcgccg > 1:2897931/1‑286 (MQ=255) 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gTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTg > 1:1829943/1‑267 (MQ=255) tGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCcactca > 2:617754/1‑288 (MQ=255) tGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCa > 1:2863869/1‑288 (MQ=255) 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tgtcatttGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGC‑CCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGc > 1:2428872/6‑289 (MQ=255) tgtcatttGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGAGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCAt < 2:775401/215‑1 (MQ=255) tttGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCaaaa > 2:3163136/1‑289 (MQ=255) 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GGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGAGTTTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTAGTGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATAAGCCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCA > CP042583/1895529‑1896087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |