| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,900,931 | 9 bp→TGATGACGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,900,931 | 0 | A | T | 98.7% | 741.5 / ‑2.5 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (176/132); minor base G (2/2); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,932 | 0 | C | G | 99.0% | 741.1 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (175/134); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,933 | 0 | T | A | 99.0% | 741.1 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (175/134); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,934 | 0 | A | T | 99.0% | 738.5 / ‑5.9 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (176/133); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,935 | 0 | C | G | 99.0% | 747.5 / ‑2.3 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (176/134); minor base T (2/1); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,936 | 0 | T | A | 99.0% | 746.5 / ‑1.8 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (176/134); minor base G (2/1); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,937 | 0 | G | C | 99.0% | 742.9 / ‑3.3 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base C (176/134); minor base A (2/1); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,938 | 0 | C | G | 98.1% | 722.4 / ‑6.6 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base G (173/133); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,939 | 0 | T | A | 99.4% | 746.2 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (178/134); minor base G (1/1); total (180/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
GCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCCACTACTGC‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAAGT > CP042583/1900669‑1901191 |||||||||| gCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATc < 2:1493114/289‑1 (MQ=255) 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gcCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGAGTTTGATCAC‑CCCCGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCCCCCAGCCCCac > 2:2462678/1‑287 (MQ=255) atatGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCGGTCGTa > 1:908535/1‑289 (MQ=255) ccGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCCCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGt > 1:1730687/1‑288 (MQ=255) cTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtctc > 2:538716/1‑288 (MQ=255) cTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCACTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtct > 1:2745754/1‑287 (MQ=255) gcggcgCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAAAATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGATGATACAGTTGATTGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAAAGGCGTctcct > 1:1488468/1‑288 (MQ=255) 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aCGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCaa < 1:2619534/288‑1 (MQ=255) aCCAGGGCGGTATGCA‑GCGTGATGCGATCCCCAGCCAGACAACACTAACCCTCTTCCGGGGCGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTACCACAACCTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCa < 2:3084477/289‑1 (MQ=255) aCCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtct > 2:2048336/1‑256 (MQ=255) cgcgGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCgcgc > 2:200196/1‑229 (MQ=255) cgcgGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCgcgc < 1:200196/229‑1 (MQ=255) cgGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATc < 1:349409/211‑1 (MQ=255) ccccAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACA‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTc > 1:301163/1‑287 (MQ=255) cccAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACt > 2:938699/1‑289 (MQ=255) cccAGCCAGACAACAATACACCTCTTCCGTGGAGTTTCCGCGACACTAGTATGGCTGCTCCGGATGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACGTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGATTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGt < 2:2419064/284‑1 (MQ=255) aGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCgcgc < 2:339683/202‑1 (MQ=255) aGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCACACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGCACTCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGACAGGTCACTTAt > 2:821695/1‑289 (MQ=255) gACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCACAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGCTCACTTATTTCa > 1:2037294/1‑288 (MQ=255) 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GCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGC‑GCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCCACTACTGC‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAAGT > CP042583/1900669‑1901191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |