| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,912,831 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,912,831 | 0 | G | C | 99.1% | 819.6 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base C (171/172); minor base A (3/0); total (176/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,912,832 | 0 | C | G | 99.4% | 830.5 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (174/172); total (176/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,912,833 | 0 | T | A | 99.4% | 831.4 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (174/171); total (176/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
CGCCAACTTTGGCATTCAACACCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGGCTTGGCGGCGTTACTTCTTGGCTTCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTGCTTGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACGCTGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTGCAGGCTAACCGCACCGGACGTATTGGTCAGATTGCCATTAACCGTCACGTTGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAG > CP042583/1912551‑1913109 ||| cAACACCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTa > 1:76120/1‑289 (MQ=255) gCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGtt > 2:153403/1‑289 (MQ=255) cGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAg < 1:472059/287‑1 (MQ=255) ccGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGcc < 1:1042866/289‑1 (MQ=255) cgggtcgggtGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTCTGTTGcc > 1:268888/1‑288 (MQ=255) ggtGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCgg < 1:631438/236‑1 (MQ=255) gtTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTa < 1:2054770/288‑1 (MQ=255) tgaGGTTCCGGGCTGGTGTCAGGATGGGTCATCGGGTCTGGATCAGGTGTCGAAGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTtc < 2:883413/286‑1 (MQ=255) cAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTtcat < 1:1391640/289‑1 (MQ=255) ggATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTtcatc > 1:2540467/1‑288 (MQ=255) ggATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTtcatc > 2:2202098/1‑288 (MQ=255) cGGGGTGGGGTCTGGCTCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAAt < 2:2744260/289‑1 (MQ=255) cGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCa < 2:3206023/226‑1 (MQ=255) 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ggAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAAt < 1:341518/209‑1 (MQ=255) ggAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGcc < 2:2417981/245‑1 (MQ=255) ggAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGcc > 1:2417981/1‑245 (MQ=255) 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cgatGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGCTACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAg < 2:1814628/285‑1 (MQ=255) cgatGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAg < 1:2221535/285‑1 (MQ=255) cgatGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAg < 2:1676617/285‑1 (MQ=255) cgatGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAg < 1:1675677/285‑1 (MQ=255) cgatGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAg < 1:200020/285‑1 (MQ=255) cggcgTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTc < 2:2048237/174‑1 (MQ=255) 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CGCCAACTTTGGCATTCAACACCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGGCTTGGCGGCGTTACTTCTTGGCTTCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTGCTTGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACGCTGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTGCAGGCTAACCGCACCGGACGTATTGGTCAGATTGCCATTAACCGTCACGTTGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAG > CP042583/1912551‑1913109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |