Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,914,838 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,914,838 | 0 | A | T | 98.7% | 538.1 / ‑1.0 | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (120/103); minor base T (0/2); total (120/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,914,840 | 0 | T | A | 99.6% | 535.8 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (120/105); total (120/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
ACCCGCCGCAGAGGAAGGACCATCTCCATAGCCTGCTGCGCTATTGTTCTCATCGACTAACACGCCTCCGTTCTGGCTGTAGCTGTCATCAACAGAAATATCAATAAGATAGGGAGCCGTCACGCTATTGGTATATATCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCACTAGGATGCTTGCTGTCGCTATTATTATCGGTAACATCGATTGCCCCGCCATCGCCATCACTGTAACTTGTACTTGTATATGCCTGGTTGTTATCAAAAATAACATCACTTAAATAAACGTCATTATTAATGGTATAAATTGCGCCACCTTTGCCATCATTAGCGATGTTATTGCGAAACATGGCGTTAGTGACACGTAAATCGACGGCACCAGTATCGTTAGTACCAGAAGAATAGATTGCGCCACCATAGCCGCCTGCGACGTTACCGGAAAAAATAACATCAGTAAGATTCAGCGTACTGTTTTCTTTAGCAAATATGGCCCCGCCGTTATTATATTCTCCTGTAACG > CP042583/1914565‑1915117 ||| aCCCGCCGCGGAGAAAGGACCATCTCCATCGCCTGCTGGCCTATTGTTCTCATCGACTAACACGCCTCCGTTATGGCTGTAGCTGTCATAAACAGAAATATCAATAAGATAGGGAGCCGTCACGCTATTGGTTGATATCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGAAGGATGCTTGCTGTCGCTATTATTATCGGTAACATCGATTGCCCCGCCATCGCCATCACTGTAACTTGTTGATGTATATGCCTgg < 1:3321777/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |