| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,924,599 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,924,599 | 0 | A | T | 100.0% | 738.9 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,924,600 | 0 | G | C | 100.0% | 734.7 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (147/161); total (147/161) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,924,601 | 0 | C | G | 99.7% | 731.8 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/161); minor base A (1/0); total (147/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GGCGCGGTGAAAGTTCCGGATGGCACCGTTGATCCATTTCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGAAGCCTGCTGATCATGGATCACCGCATTAACCAGCATGTGATCAACCGCTGCCGTAAACCTTCCGACGCCGATATTCTGGTGCCTGGCGATACCATTAGCCTGATTGGTACCACCTCTTTACGTATTGATTACAACGAGATTGACGATAATCGAGTGACGGCAGAAGAGGTTGATATTCTGCTGCGTGAAGGGGAAAAACTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAG > CP042583/1924320‑1924879 ||| tGAAAGTTCCGGATGGCACCGTTGATCCATTTCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTGATCATGGa > 2:2641970/1‑289 (MQ=255) tGAAAGTTCCGGATGGCACCGTTGATCCATTTCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTGATCATGGa > 1:944752/1‑289 (MQ=255) tGGCACCGTTGATCCATTTCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTGATCATGGATCACCGCATTAAc < 1:60471/289‑1 (MQ=255) tGGCACCGTTGATCCATTTCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTGATCATGGATCACCGCATTAAc < 1:497331/289‑1 (MQ=255) 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ttCGTCTGCCCACAGCAAACATGCTGGGTGCCAGAGAACACGGGGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTGATCATGGATCACCGCATTAACCAGCATGTGATCAACCg < 2:267428/289‑1 (MQ=255) tCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTGATCATGGATCACCGCATTAACCAGCATGTGATCAATCGc < 1:1398198/289‑1 (MQ=255) tCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTGATCATGGATCACCGCATTAACCAGCATGTGATCAACCGc < 1:2874283/289‑1 (MQ=255) 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GGCGCGGTGAAAGTTCCGGATGGCACCGTTGATCCATTTCGTCTGACCGCAGCAAACATGCTGGATGCCAAAGAACACGGTGCCGTTATCCTTACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGAAGCCTGCTGATCATGGATCACCGCATTAACCAGCATGTGATCAACCGCTGCCGTAAACCTTCCGACGCCGATATTCTGGTGCCTGGCGATACCATTAGCCTGATTGGTACCACCTCTTTACGTATTGATTACAACGAGATTGACGATAATCGAGTGACGGCAGAAGAGGTTGATATTCTGCTGCGTGAAGGGGAAAAACTGGCCCCCGTGATGGCGAAAACGCGCATTTTGCGGGCCTATTCTGGCGTGCGCCCGCTGGTTGCCAGCGATGACGACCCGAG > CP042583/1924320‑1924879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |