| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,936,538 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,936,538 | 0 | G | C | 100.0% | 889.7 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,936,539 | 0 | C | G | 99.5% | 885.2 / ‑2.7 | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (179/190); minor base A (1/1); total (180/191) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,936,540 | 0 | T | A | 100.0% | 897.0 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (180/191); total (180/191) | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
TGGCTGTCAGATTGAAAATTTAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCACTAAACCAGGTAGCGCTCTGAATGGTCCGGACGGTATTACTGGAATAAAGATCGAAATCAGGGATATCAGCACTAAAAGCGTTGCCCAGTTCACGGGCATCCTGGGTACCTTTAACCGTAATACCTGTTTTATCACTCAAGCATTGATTGGTACTACGGTCGCAACGTTCAGCATGACGAAACAAAACGACAACCGGGTGCTGCTGTGCCAGTCTGGCCAGTGTTTTATTGTCGATACGTGGCAAACCATTGCTACTCCAGGCGGCATGAGTACCCAGTCCGGCAA > CP042583/1936258‑1936809 ||| tGGCTGTCAGATTGAAAATTTAGTGGTTAACGAATTCCCCATCCAGATAAACTTTGCCTTTTTCCACATGCATGACTAAACCATCCAGATAATCAGGTTTAAATGTCGCGTCACGCTTATCTTTAGCAATATATGTCAGGCAATGATTATGGGTGAAAATAACGATATTTTTATCAGGCGCTTTGCTTTGTAAGTCCTTAATTGCACTATAAATCTCATTACCGCACTGAAGAAGTCGTTTATCTACCGTCAATTTTTTACCCGCTGAAAACCAGGTAGCCGACTGAAt < 1:2639636/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |