| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,938,750 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,938,750 | 0 | A | T | 99.2% | 915.4 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (186/200); minor base C (2/1); total (188/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,938,751 | 0 | G | C | 99.2% | 914.3 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (185/198); total (188/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,938,752 | 0 | C | G | 99.2% | 901.7 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (185/198); total (188/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
CAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCAGTCAAGCGGAGAACAG‑CCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTACGGGCAACATAGTGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTAGCAAGATG‑ATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCA‑CTGGCAAAGCGATGGGTGATTACGGTTGTATGCTGCGCGCCTATCGCCGTCATATTGTCGATGCGATGTTGCACTGCCATGAACGCAGCACCTTTATCCCGATTCTGGCGAATATCTTCGCCCGCCGTGCCATTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACG > CP042583/1938476‑1939030 ||| cAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAG‑CCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTACGGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTTCGAAGATG‑ATTaa < 1:893218/288‑1 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acAAGCAGAGAACAG‑CCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTACGGGCAACATTCAGCGATTATGGCGTGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTTCGAAGATG‑ATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCA‑CTGGCAAAGCGATGGGTGAt < 2:142799/288‑1 (MQ=255) aaGCGGAGAACAG‑CCCTTTTGTTTCTATTTTGCTTCACCGAAATTCCGGGCAACATTCAGCTATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTTCGAAGATG‑ATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCA‑CTGGCAAAGCGATGGGTGATTa < 2:2797984/289‑1 (MQ=255) aaGCGGAGAACAG‑CCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTACGGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTTCGAAGATG‑ATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCA‑CTGGCAAAGCGATGGGTGATTa < 1:3174793/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |