Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,939,613 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,939,613 | 0 | A | T | 99.7% | 757.6 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,614 | 0 | G | C | 99.4% | 743.1 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (157/159); total (158/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,615 | 0 | C | G | 99.7% | 751.1 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (156/161); total (158/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
TGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTAGCGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGAGCCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTAGCCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCGCCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAACGGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCTGGAAATCGCCCAGCGCGAAAACGAAGCCACCTGTTTTGG > CP042583/1939334‑1939893 ||| gCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTAcc > 1:1936778/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |