Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 537,986 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 537,986 | 0 | G | C | 99.1% | 805.9 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (166/175); total (167/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 537,987 | 0 | C | G | 99.7% | 804.8 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (165/176); total (167/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 537,988 | 0 | T | A | 98.2% | 783.7 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (164/172); minor base G (2/4); total (167/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
TGCTTTACGTTACTGCGCGGTAGTAATAAAACTCTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGGCTGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGGCTGGTTGCAGGCGTTGTGCTCGGAGCTGTAACAACGGGCTGTGGCGCAGGCGTCGGTTCGCTGCCTTCCAGTACACCAGGCGCTAAGGTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTACTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCTTTTTAGCGTGCTATTACTGACCGGAAGAATGTCACCCTGCGGGCCAGACACACTACTTGTTCCCGCGCCACCGCTTAAATCGGGAGGTGCAGGCAGGGCGTAAGTCTGTTTGGCGACTGTGGTACAAGCC > CP042583/537710‑538262 ||| tGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGc < 2:57905/289‑1 (MQ=255) cTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGt > 1:16782/1‑289 (MQ=255) tACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTtgtcgacg < 2:2435831/289‑6 (MQ=255) tACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTtgtcgac < 1:968849/288‑5 (MQ=255) 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tAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGG‑CCTGCGGTGTCCCCACTGCATGCGGGGTTTCAGGCGTTGTCGACGGAGTTGGAACAACGGGCTGTGGCGCa > 2:412701/1‑289 (MQ=255) aTTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCTGTAACAACGGGCTGTGGCGCAgg < 1:1074338/289‑1 (MQ=255) gggCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCTGTAACAACGGGCTGTGgcg > 1:1773357/1‑282 (MQ=255) 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TGCTTTACGTTACTGCGCGGTAGTAATAAAACTCTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGAT‑CGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGGCTGACGG‑CTTGCGGTGTCACCATTGCAGGGCTGGTTGCAGGCGTTGTGCTCGGAGCTGTAACAACGGGCTGTGGCGCAGGCGTCGGTTCGCTGCCTTCCAGTACACCAGGCGCTAAGGTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTACTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCTTTTTAGCGTGCTATTACTGACCGGAAGAATGTCACCCTGCGGGCCAGACACACTACTTGTTCCCGCGCCACCGCTTAAATCGGGAGGTGCAGGCAGGGCGTAAGTCTGTTTGGCGACTGTGGTACAAGCC > CP042583/537710‑538262 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |