Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/144); minor base T (4/0); total (163/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,958,326 | 0 | T | A | 99.0% | 726.0 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/142); minor base C (2/1); total (163/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
AGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACAGTGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTAGTGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCA‑CCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACAGCCTCGAAGATGGCATAGATGGCTTCCTTGGATTGACCTGGAATCAGGAGTTAGCCGCGACAATCGACCGACTGGAAAGTCTGGATCGAAATGAACTGCGTAAACAGTTTTCCATTAAGCGACTCAATGAAATGGAGATTTATCCGGGAGTGACCT > CP042583/1958047‑1958603 ||| agccaagttGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTATTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACg < 2:2601422/281‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |