Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,960,043 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,960,043 | 0 | A | T | 100.0% | 714.6 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,960,044 | 0 | G | C | 99.7% | 704.2 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (153/140); minor base T (0/1); total (153/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,960,045 | 0 | T | A | 100.0% | 714.4 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (153/141); total (153/141) |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATAGTAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATC > CP042583/1959771‑1960322 ||| cGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTTCAATATGTTGCAAtgt > 2:2082515/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |