Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,960,208 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,960,208 | 0 | A | T | 99.7% | 883.6 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,960,209 | 0 | G | C | 99.7% | 878.9 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (186/177); minor base A (1/0); total (187/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,960,210 | 0 | T | A | 99.7% | 881.8 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (186/177); minor base C (1/0); total (187/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
CCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTAGTCCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGG > CP042583/1959929‑1960480 ||| gTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTTCAATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGTCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACAACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTagaat > 2:3044321/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |