| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,973,358 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,973,358 | 0 | A | T | 99.7% | 830.0 / ‑4.9 | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,973,359 | 0 | C | G | 99.4% | 822.2 / ‑3.3 | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (166/176); minor base A (1/1); total (167/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,973,360 | 0 | T | A | 99.7% | 832.1 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (166/177); minor base C (1/0); total (167/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
ACATGGCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACG‑AACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGG > CP042583/1973078‑1973639 ||| acaTGGCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAAc < 2:2579645/289‑1 (MQ=255) cGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACaaaa > 1:1870214/1‑287 (MQ=255) ccAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGGCGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGGTCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAAACAAATCTAt > 2:744823/1‑289 (MQ=255) aaCCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGAt > 2:373463/1‑287 (MQ=255) ccGGCGTGCGGAAGATCGGACTGTAGAACGTTGCCACACCGTCGACGTCGCTTGCCGGACTACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTg < 2:313681/289‑1 (MQ=255) ggAAGGACTGACTGTAGAACGTTGCCAACCCTCGGACGTCGGTTGCCGGAATACCCAGCACTTCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCTGCACCCAGCCACGCGGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATa < 2:2644082/288‑1 (MQ=255) tCTGACTGTAGACCGTTGCCCCACCTTCGCGGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATc < 2:1093801/289‑1 (MQ=255) 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agACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATa < 2:2229451/243‑1 (MQ=255) aGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGGTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAAt > 1:3037145/1‑288 (MQ=255) cacaTCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCTATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAACCAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGAGGACCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATgc > 2:630506/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |