| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,973,577 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,973,577 | 0 | G | C | 98.8% | 586.9 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,973,578 | 0 | C | G | 100.0% | 597.7 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (115/138); total (115/138) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,973,579 | 0 | T | A | 99.6% | 594.2 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/137); minor base C (0/1); total (115/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGTCAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGAAGTCGATCCCGGTA > CP042583/1973291‑1973853 ||| cTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGa > 1:639839/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |