| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 550,409 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 550,409 | 0 | A | T | 100.0% | 494.5 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 550,410 | 0 | G | C | 100.0% | 491.5 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/88); total (116/88) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,411 | 0 | T | A | 99.0% | 485.0 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (113/88); minor base C (2/0); total (116/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,412 | 0 | A | T | 100.0% | 493.1 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (116/88); total (116/88) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,413 | 0 | G | C | 100.0% | 485.8 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/88); total (116/88) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,414 | 0 | T | A | 99.5% | 488.1 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/87); minor base C (0/1); total (116/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGAGCCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTAGCCATAGTAGTCCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCAGTTGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTATAGCCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAAGCC > CP042583/550159‑550675 |||||| aaTCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGAc < 1:1961894/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |